2026年10月1日以後、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの課税仕入れに係る控除割合は80％から70％へ移行する。この切替で会計ソフト側が持つべき論点は5つあるが、実務上いちばん事故が起きやすいのは80％と70％の境目を「支払日」で判定してしまうことである。割合を決めるのは支払日ではなく課税仕入れの時期であり、役務なら完了日、商品なら引渡日を見る。ここを取り違えると、9月末から10月にまたがる取引が丸ごとずれる。
何が変わるのか
令和8年度税制改正により、経過措置（7・5・3割控除）は適用期限が2年延長され、あわせて控除割合が見直された。改正前は令和8年10月から3年間50％で終了する予定であったから、2026年10月時点の下げ幅は30ポイントから10ポイントへ緩和されたことになる。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 令和5年10月1日〜令和8年9月30日 | 仕入税額相当額の80％ |
| 令和8年10月1日〜令和10年9月30日 | 仕入税額相当額の70％ |
| 令和10年10月1日〜令和12年9月30日 | 仕入税額相当額の50％ |
| 令和12年10月1日〜令和13年9月30日 | 仕入税額相当額の30％ |
| 令和13年10月1日〜 | 控除できません |
同時に上限が新設された。一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分に経過措置は適用されない。改正前の10億円から一気に10分の1である。適用は令和8年10月1日以後に開始する課税期間から。経理部門として10月までに何を決めておくかという全体の段取りは2026年10月インボイス経過措置が70%へ｜中小企業経理がやるべき対応で扱っており、本記事はそのうち会計ソフトの設定面だけを掘り下げる。
境目は支払日ではない
本記事の核心はここにある。割合は課税仕入れを行った時期で決まる。請求書の日付でも支払日でも、会計ソフトへ入力した日でもない。
国税庁は令和8年4月、この期またぎのケースを質疑応答事例（問113-3）として追加しました。設例は「令和8年9月21日から提供を受けている役務が同年10月20日に完了し、同月31日に代金を支払う場合」。回答はこうです。
- 役務の提供: 課税仕入れの時期は、原則としてその約した役務の全部が完了した日。設例では令和8年10月20日が課税仕入れの日となり、70％で計算します。10月31日でも9月21日でもありません。
- 商品の仕入れ: 課税仕入れの時期は、原則として引渡しのあった日。9月21日〜9月30日の引渡しは80％、10月1日〜10月20日は70％になります。
実務でこれが効いてくるのは、仕訳の起点が支払データや請求書になっている場合である。銀行連携やカード連携から起票すれば日付は決済日が入り、請求書受領システム経由なら請求日が入る。いずれも課税仕入れの時期とは別物だ。
典型は、9月分の保守料が10月10日に請求され10月末に引き落とされる型の取引である。カード連携から自動で仕訳が立てば10月の日付が入り、そのまま70％区分が当たる。だが役務が9月中に完了していれば正しくは80％だ。業務委託料・広告費・システム保守料は月またぎが常態であり、この帯だけは一度リストを作って手で当てるほうが早い。
税区分設定で確認する5項目
対象がどの程度の規模になるかは、取引先マスタを開けばすぐ分かる。登録番号が空欄の先を抽出し、そのうち直近1年で継続的に支払いのあるものだけ残す。ここで残った件数が、10月に向けて手を入れる対象のおおよその母数である。数件で終わる会社もあれば、外注比率の高い業種では数十件に達することもある。
1. 70％の税区分がマスタに入っているか
免税事業者からの仕入れは、80％控除用と70％控除用で税区分が分かれる。クラウド会計であればベンダー側のアップデートで追加されるのが通常だが、追加されただけでは使われない。既存の仕訳ルールが80％区分を指したままなら、10月以降も80％で起票され続ける。
2. 自動仕訳ルールと学習データ
継続取引をルール化している場合、そのルールが保持する税区分は固定値であるから、免税事業者との継続取引をルールに登録している行を洗い出したうえで、10月1日以後の適用分を差し替える必要がある。ルールが何をどこまで決めているのかは仕訳自動化の仕組みとルール設計で整理した。
3. 取引先マスタの登録番号
経過措置の対象はインボイス発行事業者以外からの課税仕入れであるため、取引先マスタで登録番号が空欄の先について「まだ確認していない」のか「確認したうえで未登録だった」のかを区別できていないと、そもそも適用対象が確定しない。税区分の切替より前に、この空欄を潰す作業が要る。
4. 仕訳日付の出どころ
前章の論点をソフト側の作業に落とすと、「その仕訳に入っている日付は課税仕入れの時期と一致しているか」という一点の確認になる。連携元が決済日ベースであれば9月末から10月にかけての期間だけは手当てが必要であり、ここは自動化で吸収できない領域である。
5. 帳簿の記載事項
経過措置を受けるには、区分記載請求書等と同様の記載がある請求書等に加えて、一定の記載がされた帳簿の保存が要件です（平成28年改正法附則52、53）。会計ソフトでは税区分の選択がこの記載に対応する設計が一般的ですが、摘要欄への記載を運用で補っている場合は、そのフォーマットも70％へ直す必要があります。
1億円の上限は自動判定に任せられない
上限の判定単位は「一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額」である。取引先ごとの年間累計であって、会社全体の合計ではない。
会計ソフトは取引先別の集計そのものは出せるが、「経過措置の対象になる課税仕入れだけを、免税事業者ごとに、税込みで、年または事業年度で累計する」という切り口を標準機能として持っているとは限らない。上限に近い取引先を抱えているのであれば、税区分の切替と同時に集計の出し方まで決めておくべきところである。
なお税制改正大綱では、この上限について取引実態等を踏まえたさらなる引下げを検討するとされており、1億円が最終形であるとは限らない。
少額特例で対象は減る
基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者は、税込1万円未満の課税仕入れについて、一定の事項を記載した帳簿だけで仕入税額控除が認められます。適用は令和5年10月1日から令和11年9月30日まで。
この範囲に入る取引は、相手が免税事業者でも経過措置の割合計算には入りません。切替の対象を洗い出すとき、少額特例の範囲を先に切り分けておくと、残る件数がかなり現実的になります。出典: 国税庁タックスアンサー No.6496。
本記事の範囲
ここまでは制度側の要件から逆算した確認項目です。各社の画面上の操作手順までは扱っていません。税区分マスタの名称も配置もアップデートの提供時期もベンダーとプランで違い、バージョンでも変わるためです。手順は各社のヘルプでご確認ください。製品ごとの全体像はインボイス対応会計ソフトの選び方で比較しています。
個別の取引の当てはめも同様です。課税仕入れの時期は「原則として」完了日・引渡日ですが、契約の形によって判断が分かれる取引があります。金額の大きいものは顧問税理士へ。