2027年から青色申告特別控除が変わる｜freee・MF・弥生の設定対応表

令和9年分から、書面で確定申告する個人事業主の青色申告特別控除は上限10万円になります。65万円を維持するにはe-Tax送信が必須で、75万円を狙うなら優良な電子帳簿かデジタルシームレス保存が要ります。設定箇所はfreee・マネーフォワード・弥生とも1〜2か所ですが、開始前に遡って履歴は取れないため、実質の締切は2026年12月31日です。

令和9年分から控除額の階段が組み替わる

租税特別措置法25条の2は令和8年法律第12号で改正され、2027年1月1日に施行されます。控除の区分は「10万円・55万円・65万円」の3段から「10万円・65万円・75万円」の3段へ入れ替わり、55万円という区分そのものが条文から消えます。適用は令和9年分(2027年分)の所得税からで、住民税には翌年度から反映されます。

経理の実務として重いのは、真ん中の行です。複式簿記で帳簿を作っていても、紙で申告書を出していた事業者は控除が55万円から10万円へ落ちます。改正前後で帳簿の作り方は1ミリも変わっていないのに、提出方法だけで45万円分の控除が消えます。ここが今回の改正でいちばん影響の大きい変更点です。制度そのものの立て付けや電子帳簿保存法の区分の全体像は電子帳簿保存法の区分×義務×猶予措置の横断整理にまとめてあります。

もう一つ見落としやすいのが最下段です。簡易簿記のまま、前々年分の事業所得または不動産所得に係る収入金額が1,000万円を超えている場合、10万円の控除がゼロになります。ただし不動産所得については例外があり、業務的規模の者は改正前と同様に最大10万円を受けられます。控除対象外になるのは事業的規模の者だけです。なお業務的規模の者は複式簿記へ移行しても上限は10万円のままで、増える余地はありません。国税庁のパンフレットでもこの点は本文ではなく注釈に置かれているため、表だけを見て自分は対象外だと早合点しないほうが安全です。

締切は2027年3月ではなく2026年12月31日です

75万円を取りにいく場合、期限の読み方を間違えると1年まるごと空振りします。優良な電子帳簿は「その年分の事業に係る仕訳帳及び総勘定元帳について、課税期間の最初から要件を満たして電子データによる備付け及び保存を行う」ことが条件です。令和9年分の課税期間は2027年1月1日に始まるので、その日に設定が入っていなければなりません。

そして3社とも、機能をONにする前に遡って履歴を作る仕組みを持っていません。freeeのヘルプは「ONにする以前に遡って履歴を取得することはできません」と明記し、弥生は自社の対応告知で「2025年分は履歴記録が途中からとなるため適用外」と書いています。つまり2027年3月の確定申告期限までに気づいても手遅れで、動かせる期限は2026年12月31日です。

届出書の提出期限だけは別で、こちらは適用を受ける年分の確定申告期限まで、つまり2028年3月15日までに間に合えば足ります。還付申告になる場合も確定申告期限までの提出が要る点は変わりません。年内にやるのはソフトの設定、年明け以降にやるのが届出書、と分けて覚えると取り違えません。2026年内に片付けておく設定は控除の話だけではないため、個人事業主が2026年内に終わらせる会計ソフト設定とあわせて棚卸しすると漏れが出にくくなります。

優良な電子帳簿として認められる条件は3つ

ソフトの設定に入る前に、何を満たそうとしているのかを押さえておくと画面の意味が分かります。優良な電子帳簿とは、システムの説明書やモニター等の備え付けといった電子帳簿の基本要件に加えて、次の3つをすべて満たした電子帳簿を指します。

• 訂正・削除・追加等の履歴が残ること
• 帳簿間で相互関連性があること
• 取引等の日付・金額・相手方に関する検索機能があること

3社が用意しているのは、このうち履歴と相互関連性をユーザーの手作業なしで満たすためのスイッチです。検索機能は日常の入力内容に依存する部分があり、取引先を入力していない仕訳が並んでいると要件を満たしません。スイッチを入れれば自動的に全部そろう、という設計ではありません。

なお、この機能をONにしないままでも、帳簿を電子のまま保存すること自体は可能です。その場合は「その他の電子帳簿」という区分になり、税務署への届出は不要です。優良かどうかで分かれるのは、過少申告加算税の5%軽減と、令和9年分からの75万円控除の可否です。紙の保存義務が復活するわけではありません。

freee会計は［その他設定］の2か所を続けて切り替える

freee会計の優良電子帳簿機能は、個人向けではスターター・スタンダード・プレミアムが対象です。設定は［その他設定］メニューから［事業所の詳細設定］を開き、まず「仕訳関連設定」の「仕訳番号形式」で「数字」か「英数字」のどちらかを選んで保存します。続いて同じ画面の「優良電子帳簿」で「使用する」を選び、もう一度保存します。この2段構えを知らずに最初の保存だけで離脱すると、機能はONになりません。

ONにすると仕訳帳・総勘定元帳・補助簿・補助元帳・固定資産台帳の履歴が記録され、仕訳に帳簿間の相互関連性を示す仕訳番号が付与されます。記録された履歴は［その他設定］メニューの［優良電子帳簿に伴う操作履歴］から「仕訳」「固定資産台帳」「マスタ」の3タブで閲覧できます。履歴はユーザー側で変更も削除もできない仕様です。

freeeを使う場合に事前に潰しておきたい制約が3つあります。入力項目の穴がまずひとつで、有価証券の銘柄や繰延資産の事由のように専用の入力項目が用意されていない項目は、仕訳帳・総勘定元帳の「備考」欄や「メモタグ」欄へ手で入れて運用する前提になっています。会計ソフトの外側にも制約があり、Excelなど別のツールで売上管理や固定資産管理を並行して行っている場合、それも補助簿を作成していることになる可能性があり、その補助簿が履歴記録・相互関連性・検索の要件を満たしていないと過少申告加算税の軽減措置は受けられません。残るひとつは記帳の起点で、手書きの帳簿から途中でデータ移行する運用は「最初の記録段階から一貫して電子計算機を使用している」に当たらないとされています。

会計ソフトの外側の制約は公式ヘルプの末尾にしか書かれておらず、ソフトの中だけを整えれば済むと誤解しやすい箇所です。freee固有のクセを他にも把握したうえで判断したい場合はfreee会計は使いにくい？経理経験者がつまずく5点と回避設定を先に読むと、設定変更の影響範囲を見積もりやすくなります。

マネーフォワード クラウド確定申告はチェックボックス1つ

マネーフォワード クラウド確定申告は、「申告情報」画面の「電子帳簿保存法に関する設定」にある「仕訳履歴保存機能を利用する」にチェックを入れます。触る場所は1か所で、3社のなかでは最も手数が少ない設計です。この機能によって、優良電子帳簿の要件のうち「訂正・削除履歴の確保」を満たす扱いになります(公式サポートの当該ページは2025年10月21日更新)。

ただし手数が少ないことと要件を全部満たすことは別です。前述のとおり、履歴の確保に加えて帳簿間の相互関連性と、日付・金額・相手方による検索機能の3つをそろえる必要があります。検索側がどう満たされるかはソフトによって発想が違うので、電子帳簿保存法の検索要件、freee・MF・弥生はどう満たすかで3社の対応方法をつかんでから、チェックを入れる順番を決めると手戻りが減ります。

マネーフォワードの公式サポートは、届出書について国税庁の手続ページを参照する形をとっており、様式名を自社ページ内には書いていません。サポートページを読んだだけでは様式にたどり着けない構成なので、正式名称を先に控えてから進むと迷いません。

やよいの青色申告 オンラインは初期値がすでにONになっている

やよいの青色申告 オンラインは2025年9月19日のリリースで優良な電子帳簿に対応しました。［設定メニュー］から［全体の設定］を開くと［優良な電子帳簿の設定］が追加されており、初期設定は「使用する」が選ばれています。既定でONなので、新規に契約した事業者は原則として何も操作しなくて済みます。

この「何もしなくてよい」が逆に落とし穴になります。設定が入っているつもりで画面を開かずにいると、過去に「使用しない」へ変えていたことに気づけません。［高度なメニュー］から［操作履歴］を開き、［仕訳履歴］に取引の登録・修正・削除の履歴が並んでいるかを2026年内に一度は目視する価値があります。弥生自身も2025年分については履歴記録が途中からになるため適用外と案内しており、適用開始のタイミングを2026年分からと明示しています。

弥生の場合、優良な電子帳簿を有効にしたデータでは仕訳・科目・部門の変更履歴がすべて自動で保存されます。部門の履歴まで残る点は個人事業主にはあまり関係しませんが、履歴の量が増えるため、［操作履歴］の画面が過去の修正で埋まって読みにくくなることはあります。

3社の設定箇所を1枚に並べる

並べると、3社の差は機能の優劣ではなく「どこまでを既定で持っているか」に出ます。弥生は既定でON、マネーフォワードはチェック1つ、freeeは仕訳番号形式の選択とセットで2段階です。乗り換えの理由になるほどの差ではないので、いま使っている製品の設定画面を開くところから始めるのが早道です。これから選ぶ段階なら個人事業主向け青色申告ソフト比較、法人も含めた総合比較ならクラウド会計ソフト比較で全体像を押さえてからのほうが遠回りになりません。

課税所得別に見た税負担の増減

控除額が動いたときに手元の税負担がいくら変わるかは、課税所得(各種所得控除を引いた後・青色申告特別控除を引く前)の水準で変わります。次の表は、所得税に超過累進の限界税率と復興特別所得税2.1%を乗せ、住民税を所得割10%として置いた場合の増減です。控除の増減は課税所得の一番上の帯から差し引かれるため、限界税率で見るのが実態に近い数字になります。

数字の並びを見ると、優先順位ははっきりします。書面申告を続けている事業者の損失は課税所得500万円で年13万6,890円で、これは設定変更ではなく提出方法の変更だけで全額を取り戻せます。一方、優良電子帳簿をONにして得られるのは同じ課税所得で年3万420円です。桁が一つ違うので、まずe-Tax送信の体制を作り、余力で優良電子帳簿へ進むのが実務の順番になります。

なお課税所得350万円と500万円の値が同じなのは、どちらも所得税の限界税率20%の帯に収まっているためで、計算誤りではありません。帯をまたぐ位置にいる場合は控除の増減で税率帯そのものが変わることがあり、その場合は表の値より有利に振れます。この表は目安として使い、実際の申告額は各社のソフトが出力する決算書で確かめてください。

提出する届出書は2種類あり、様式の名前は2027年3月に変わる

75万円の控除を受けるには、選んだ経路に応じた届出書を、適用を受ける年分の確定申告期限までに所轄税務署へ提出する必要があります。優良な電子帳簿による場合は「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る75万円の青色申告特別控除・過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」または「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」を使います。デジタルシームレス保存による場合は「電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除(個人事業者)の適用を受ける旨の届出書」という別の様式になります。

ここに事務手続き上のねじれがあります。国税庁は届出書の名称を「65万」から「75万」へ令和9年3月頃に変更する予定と案内しているため、2026年内に届出書を探すと古い名前の様式が出てきます。名称が違っても様式は同じ系列なので、名前だけを見て「該当する届出書が無い」と判断しないほうが確実です。すでに優良な電子帳簿の保存によって65万円の控除を受けている事業者は、改めて提出する必要はありません。

デジタルシームレス保存を選ぶ場合、対象になるのは国税庁長官が定める基準に適合するシステムを使った電子取引データに限られます。具体的にはデジタル庁が管理する仕様に従ったデジタルインボイスか、預貯金口座における決済データのいずれかで、そのうえで改ざん防止の確保・記帳の適正性確保・電子帳簿との関連性確保の3つを満たす必要があります。会計ソフト単体で完結する話ではないので、請求書の送受信まで含めた業務フローを変えられる事業者向けの選択肢だと考えたほうが実態に合います。

簡易簿記から複式簿記へ移す場合に使える外部の手当て

前々年の収入が1,000万円を超えていて簡易簿記のままの事業者は、令和9年分で控除がゼロになります。避けるには複式簿記への移行が要りますが、記帳の方法そのものを変える話なので、ソフトの設定を切り替えるのとは負担の質が違います。国税庁は同じパンフレットの裏面で、移行を支える外部の受け皿を3種類挙げています。

継続的な伴走支援の窓口になるのが青色申告会と商工会・商工会議所です。いずれも会員向けのサービスが中心で、商工会・商工会議所は記帳だけでなく補助金の計画策定支援や経営相談まで扱います。公的な講習としては、税務署が実施する記帳・決算説明会と、各国税局が外部委託して行う記帳指導があります。後者は記帳のしかたから決算、確定申告書の作成までを一貫して見てくれますが、申込状況によっては希望に沿えない場合があります。残るひとつが会計ソフトの導入で、国税庁はデジタル化・AI導入補助金を挙げ、小規模事業者なら導入費用の最大80%が補助されると案内しています。

会計ソフトの導入だけを先に決めてしまうと、記帳の考え方が身についていないまま画面に向かうことになり、結局は仕訳の判断で止まります。移行の順番としては、記帳指導か伴走支援でひととおり型を掴んでから、ソフトを選ぶほうが失敗が少なくなります。

いま優良電子帳簿の設定を急がなくてよい場合

次のいずれかに当てはまるなら、2026年内に優良電子帳簿へ手を伸ばす優先度は低くなります。

• 現金主義による所得計算の特例を選んでいる。この特例の適用を受けている間は65万円・75万円のいずれも適用できず、10万円の控除だけが残ります
• 不動産所得のみで業務的規模にとどまる。複式簿記へ移行しても上限は10万円のままで、設定を入れても控除額は動きません
• e-Tax送信の体制がまだ無い。75万円は65万円の要件を満たしたうえでの上乗せなので、送信ができない状態で優良電子帳簿だけONにしても控除額は増えません

最後のものは順序の問題なので、設定そのものを否定するものではありません。ただ、e-Tax送信の準備と優良電子帳簿の設定を同じ月にまとめて進めると、どちらの設定が原因で決算書の出力が変わったのかを切り分けにくくなります。先にe-Tax送信を通し、翌期の期初に優良電子帳簿をONにする、と2段階に割るほうが後戻りが少なくなります。

ONにする時期・e-Taxの送信範囲・収入判定の扱い

2026年の途中で優良電子帳簿をONにした場合、令和9年分に使えますか

使えます。要件が問われるのは令和9年分の課税期間、つまり2027年1月1日から12月31日までの帳簿です。2026年中のどのタイミングでONにしても、2027年1月1日に機能が有効であれば条件を満たします。逆に2027年に入ってからONにすると、その年分については期首からの履歴が欠けることになります。

e-Taxで送るのは確定申告書だけでよいですか

足りません。65万円・75万円の控除では、確定申告書に加えて青色申告決算書のデータも送信対象になります。貸借対照表を含む点が要件に明記されており、損益計算書だけでは条件を満たしません。送信は確定申告期限までに完了している必要があります。

簡易簿記で前々年の収入が1,000万円を超えた年だけ控除がゼロになるのですか

判定はその年ごとに前々年分の収入金額で行うため、収入が1,000万円以下に戻った年は再び10万円の控除の対象になります。ただし判定の基準が2年前である以上、2027年分の可否は2025年分の収入ですでに決まっており、いま動かせるのは記帳方法を複式簿記へ変えるかどうかだけです。

2026年内に触るのは設定画面の1〜2か所だけ

やることの分量は拍子抜けするほど小さいです。freeeなら［その他設定］の2項目、マネーフォワードならチェックボックス1つ、弥生なら既定値の確認だけで、いずれも10分あれば終わります。それでも記事1本を割く価値があるのは、期限が2027年3月ではなく2026年12月31日で、しかも遡及ができないからです。今週のうちに自社が使っているソフトの設定画面を開き、優良電子帳簿の項目がどの状態になっているかだけでも見ておくと、年末に慌てずに済みます。

制度の数値と要件は租税特別措置法25条の2(令和8年法律第12号による改正後)および国税庁の公表資料、各ソフトの設定手順は3社の公式ヘルプ、税負担の表に用いた税率は税率表で、いずれも2026年8月25日に確認しています。

【記事情報】
・監修：本記事は税理士等の有資格者による監修を受けていません。
・免責事項：本記事は公開・更新時点の公表情報に基づき執筆していますが、個別の税務判断については管轄税務署または担当税理士へご相談ください。各サービスの料金・機能の最新情報は各公式サイトをご確認ください。

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